Secara organisasi KMHDI memiliki tingkatan organisasi mulai dari Pusat, Provinsi, Daerah dan Komisariat Kampus.
- Pimpinan Pusat (PP), ada pada tingkatan Nasional, Bertempat di Ibu Kota Negara. Di pimpin oleh 3 orang Presidium.
- Pimpinan Daerah (PD), ada pada tingkatan Provinsi. Dipimpin oleh satu orang Ketua.
- Pimpinan Cabang (PC), ada pada tingkatan Kabupaten / Kota. Dipimpin oleh satu orang Ketua.
- Komisariat, Ada di tingkatan Kampus yang memiliki potensi Mahasiswa Hindu.
