Secara organisasi KMHDI memiliki tingkatan organisasi mulai dari Pusat, Provinsi, Daerah dan Komisariat Kampus.

1. Pimpinan Pusat (PP), ada pada tingkatan Nasional, Bertempat di Ibu Kota Negara. Di pimpin oleh 3 orang Presidium.
2. Pimpinan Daerah (PD), ada pada tingkatan Provinsi. Dipimpin oleh satu orang Ketua.
3. Pimpinan Cabang (PC), ada pada tingkatan Kabupaten / Kota. Dipimpin oleh satu orang Ketua.
4. Komisariat, Ada di tingkatan Kampus yang memiliki potensi Mahasiswa Hindu.